Un collezionista di Pokémon, Lawrence III, decide di catturare il Pokémon leggendario Lugia intrappolandolo nella sua nave da guerra volante. Per svolgere la sua missione deve prima catturare i tre uccelli leggendari: Articuno, Zapdos e Moltres. Inizia proprio da quest'ultimo, disturbando l'equilibrio meteorologico del pianeta.

Lo scienziato Spencer Hale, Professore di Pokémon ed uno dei migliori allievi del Professor Oak, è ossessionato dal segreto che celano gli Unown, Pokémon la cui forma ricorda le lettere dell'alfabeto. Un giorno, mentre sta investigando su alcune rovine attribuite agli Unown, Hale si trova faccia a faccia con queste creature che lo rapiscono, risucchiandolo in un'altra dimensione

Ash, Misty, Brock e Pikachu raggiungono Altomare, una meravigliosa località costruita sul mare (ispirata alla città di Venezia). Ash, grazie all'incontro con Bianca e Lorenzo, viene a conoscere il segreto della Gemma dell'Anima^[2] che contiene l'anima di un Latios, scomparso per salvare la città da due Pokémon malvagi, Aerodactyl e Kabutops.

Ash, Brock, Vera e Max giungono in una località dove si sta svolgendo un festival in occasione della comparsa della Cometa del Millennio. I ragazzi decidono di assistere ad uno spettacolo di magia tenuto da Butler e dalla sua assistente Diane. Durante lo show Max sente una voce provenire da una roccia mostrata da Diane. Dopo aver sventato un tentativo del Team Rocket di catturare Pikachu, Mightyena e Kirlia, Butler spiega che all'interno dell'oggetto vive Jirachi, un Pokémon leggendario che si risveglia per 7 giorniogni mille anni, e consegna il cristallo a Max.

Il film inizia con il racconto di una battaglia tra due eserciti, composti da uomini e Pokémon, svolta nei pressi del regno di Sir Aaron e della regina Lady Rin. Avvertito da Lucariodei rischi del conflitto, Sir Aaron si reca nel luogo della battaglia, rivela al Pokémon di aver abbandonato il ruolo di Maestro e lo imprigiona nel suo bastone che verrà consegnato alla regina da Pidgeot. Nel frattempo, proprio quando le due armate iniziano lo scontro, un potere magico provvederà a fermare i guerrieri. La leggenda narra che fu Sir Aaron a ristabilire la pace.

Il film inizia con il recupero dell'uovo di Manaphy da parte del Capitano Phantom che vuole mettere le mani sulla Corona del Mare. Tuttavia un Pokémon Ranger, Jack "Jackie" Walker, riesce a recuperare l'uovo e fuggire dalla nave con l'aiuto di un Mantine.

Il film comincia con uno scontro tra i Pokémon leggendari Dialga e Giratina in un universo parallelo: il Mondo Inverso (反転世界 Hanten Sekai^?). Nella sfida viene anche trascinato, contro il suo volere, Shaymin, il Pokémon Gratitudine. Shaymin tramite la mossa Infuriaseme, un attacco che assorbe tutte le polveri e i detriti grazie ai fiori che crescono sulla schiena del Pokémon, apre un varco verso il Mondo Reale e viene trascinato dal vortice, seguito a ruota da Dialga, riuscitosi a liberare dalla morsa di Giratina. Quest'ultimo tenta di seguire Dialga oltre il portale, ma invano poiché è stato intrappolato in un "ciclo temporale".

Ash Ketchum, Brock e Lucinda raggiungono la città di Michina dove gli viene consigliato di visitare le rovine vicine. Quando i ragazzi giungono ai bordi uno specchio d'acqua nei pressi delle rovine, una distorsione spaziotemporale causa un vortice che tenta di risucchiare Pikachu e Piplup. Tuttavia una ragazza, Sheena, arrivata di corsa sul luogo, invoca Dialga e chiede al Pokémon leggendario di salvare i due Pokémon. Dialga recupera Pikachu e Piplup e richiude lo strappo dimensionale....

Ash Ketchum, Iris e Spighetto giungono nella città di Eindoak, situata nella regione di Unima, per partecipare al Festival del Raccolto. Giunti nei pressi di Eindoak, Ash si trova a dover salvare due Deerling selvatici. Grazie al provvidenziale intervento del Pokémon leggendario Victini, Ash riesce a salvare i Pokémon e a raggiungere il castello di Eindoak, denominato Spada della Valle, attraverso una grotta.

Ash Ketchum, Iris e Spighetto giungono nella città di Eindoak, situata nella regione di Unima, per partecipare al Festival del Raccolto. Giunti nei pressi di Eindoak, Ash si trova a dover salvare due Deerling selvatici. Grazie al provvidenziale intervento del Pokémon leggendario Victini, Ash riesce a salvare i Pokémon e a raggiungere il castello di Eindoak, denominato Spada della Valle, attraverso una grotta.

Il Pokémon leggendario Keldeo si sta allenando insieme a Virizion, Terrakion e Cobalion per sfidare Kyurem, tuttavia i tre Solenni Spadaccini ritengono che non sia ancora pronto per un incontro del genere. Keldeo tuttavia infrange il divieto e si reca nella miniera abbandonata in cui vive Kyurem.

Diancie vive nel Regno Diamante insieme a numerosi esemplari di Carbink. Il più anziano di quattro esemplari, Dazio, mostra al Pokémon leggendario il Cuore di Diamante che presto perderà il suo potere e racconta come in passato Xerneas ha salvato Foresta Tuttaterra con Aurafolletto, suggerendo a Diancie di cercare il Pokémon Creazione che può aiutarla utilizzando la sua abilità.

In un tempo passato, Hoopa Libero invoca i Pokémon leggendari Kyogre, Groudon, Reshiram, Zekrom e Regigigas grazie ai suoi anelli, causando la parziale distruzione di una città. Viene tuttavia bloccato da un uomo che intrappola la diabolica forma all'interno di una bottiglia. Lo stesso oggetto viene ritrovato un secolo dopo all'interno di una grotta.